Le président Marzouki a déclaré le 7 juin, lors d’une interview télévisée, qu’il s’opposait à l’extradition de l’ancien Premier ministre libyen, Baghdadi Mahmoudi, à cause du « risque qu’il soit torturé en Libye ».
 Marzouki a précisé qu’il était du droit des Libyens de demander l’extradition de l’ancien Premier ministre, mais il a indiqué qu’il serait « préférable de le livrer à un gouvernement élu ». Pourtant, Hamadi Jebali, le chef du gouvernement, voit apparemment les choses différemment. Un accord a récemment été trouvé entre les deux pays concernant cette extradition. Jebali a indiqué qu’il avait reçu des garanties écrites de la part des Libyens concernant la tenue d’un procès équitable.